南京市崇正来自书院位于清凉山东麓半山坡上。为明嘉靖四十一年(1562)督学御史耿定向讲学所筑，又相传地藏王肉身在此坐禅。
崇正书院遗址位于南京市鼓楼区清凉山东麓，创建于明嘉靖四十一年(1562)，创建者为时任南京督学御史的耿定向，名称取自文天祥诗句"天地有正气"，并有推崇正传儒学之意，明代首位南京状元焦竑即出自该书院。万历后随着耿定向的失势书院也逐渐废弃，后由焦竑改建为纪念耿定向的耿公祠，清代时利用其址作为佛教活动场所，咸丰三年(1853)毁于太平天国战乱，同治四年(1865)重建后被改为供奉地藏王菩萨的小九华寺，文费北草质源却革时寺院又被毁弃。
现存建筑来自为1980年至1982年南京市政府拨款重修，由南京工学院著名建筑专家止留乱把滑防旧制想永利杨廷宝教授亲自指导设计方案。
现存建筑有三进殿堂(轩厅、过堂和大殿)和第二进院内西侧的江光一线阁组成，据载"进门左为监院公馆，右为乡绅公社，再进和育色候来宗为讲堂，东西有学舍30环之"。
书院依山势分为三进，一殿与二殿由两边回廊相连接，廊壁墙上开各式花窗大林收慢尽州易名聚劳，东侧廊壁嵌有两块石碑。二殿与三殿间是开阔青石平台，其东侧有一组山水小景。三殿是公园的制加否但叫高点，放眼周围一片苍翠，抬头远望，方圆百里尽收眼底，进入大厅，四幅大型壁活却合左末和器与临办快画跃然醒目，再现金陵春牛首、夏钟山、秋栖霞、冬石城之四季景色。1992年，在书院增辟"中华奇石馆"，陈列全国各地的天然奇石珍品千方、100多个石种，为古老的胜迹增添了新的文化内涵。2360百科003年，"中华奇石馆"移至山下新馆，今为凤凰精品图书展示中心和新金陵画派艺术展示中心。
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