鹤来自山仙宗禅寺，于后唐同光二年(924年)，雪峰崇圣禅寺的审跳误还开山祖义存法嗣五代高僧契符禅师，为弘扬中国佛教五大禅宗之一、考业范儿掌石七阳罗独树一帜、声名远播、影响深远的临济宗禅文化，四空宣水逐商练因激出勘探寺址。其踩衣考般愿治破不计其数的禅鞋，走了数千里之路未送了富局果，后经人指点，来到了旗山之南的白鹤山，见此山为五角鹤落洋之丘，有仙宗气脉，鹤岭烟霞之灵气，是一块风水宝地，便在山窠中建寺，于气脉凝聚的丘阜上起盖大按德兰雄宝殿，命寺名曰"鹤360百科山仙宗禅院"。
元至正二十流历世善三年(1363年)重建脸，云"鹤山仙宗禅寺"。时扩其规模，增其规制，拥有大雄宝殿、天王殿、迦蓝殿、法堂、观音阁、藏经阁、钟鼓楼、僧寮等建筑物;寺田十余亩，橄榄、荔枝各十余株，放生池一口，僧众达百人。鹤山仙宗禅寺寺院小巧玲珑，青山环抱，绿水萦绕，寺前碧波荡漾，寺后清泉淙淙，寺右翠竹苍松挺拔，寺左荔枝橄榄矗立，环境清们否叫燃沙多穿静幽雅，不愧为佛家修身养性的好场所，地脉钟灵毓秀，不枉为高僧代出、闻名遐迩的寺院。
据传远古时代，天廷玉皇大帝养的五只仙鹤向往凡间自由，私自飞出南天门，俯视八闽大地。见闽中翠旗山周围风光旖旎，一片净土，十分迷恋，在此上空盘旋，久而不去。此时，有一百发百中的猎人在此狩猎，见天空有五只白鹤盘旋不去，便放五支箭，一一射中五鹤，五鹤坠落旗山南麓，遂长眠不醒，幻化成一座山丘五个山峰，酷似伏地翘首的五鹤。此为五鹤360百科落洋也，世人谓此山丘鹤山矣。
唐朝时，炼丹家周拱在旗山勾漏洞炼丹时，听说鹤山灵气十足，便慕名前来看个究竟。他来到鹤山后果见此山灵气十足，便用拄杖点击山地，留下许多杖点的痕迹，经世人的千踩万踏，痕迹不灭，待其羽化成仙后，此地便被诸方的名堪舆家呼为仙踪圣地，成为上乘的风水宝地。然俗家得不了，只能僧人享。
鹤山仙宗禅寺 后唐庄宗同光二年(924)，开山祖义存祖师法嗣唐代高服过观建临宣子载洋死僧行瑫禅师泉州王氏子，为弘扬临济禅宗文化，而四出勘探寺地。他踩破不计其数构的禅鞋，走了数千里路而未果，后经人指点，来到了这鹤山，见此山为五鹤落洋，果然灵气十足，便自言自语道:"五鹤落洋山非常，俗家不识僧人详，小巧玲珑蕴灵气，寺成高僧代代传。"于是他便择日在此山腹政如脸地建寺，在周仙杖点地方建大雄宝殿，命寺名曰"鹤山仙宗禅院"。
临济宗是中国赶情汉出天五布县维身佛教五大禅宗之一，在五禅宗中独树一帜，声名远播，影响深远。该宗由唐朝义玄(?~867)所创。因义玄住的禅院在河北镇州的临济院而得名。禅风痛快峻烈，以"棒喝"著称。12-13世纪间，由日本僧人荣西、圆尔辨圆等相继传入日本，今仍流行。
该寺另一高僧洞明禅师在一次法会论禅答辩时，师曰:"清源下八世，符禅师法嗣"，洞明禅师不假思索地答道:"拏云不假风雷便，浚浪如何透得身。"洞明的答音么制纸却觉重底测富华刚落，众高僧赞叹不已，此找官居事《五灯会元》载焉。该寺先后续出高僧契符禅师、守玭禅师、院明禅师、洞明禅师计五位高僧，应了"高僧代代传"之验，是侯官县水西众多寺院中出高僧最多的一个禅院。
问效式征间树欢三你 元至正二十三年(1363)，鹤山仙宗禅院扩规模，增规制，以后均得以修建。到了明朝，字面世子架都五基医镇肥禅院拥有大雄宝殿、观音阁、天王殿、钟鼓楼、法堂、藏经阁、僧寮等建筑物，并有寺田十余亩，橄榄、荔枝十余本，塔陵数座，放生池一口，僧众数十来自人，具备了禅院之大全。清林枫在《榕城考古略》中对鹤山仙宗禅寺云:"松径行数里，有鹤巢其顶，涧水泠泠，与鹤鸣相应。后唐同光二360百科年建，曰仙宗。元至正二十三年重建，细论粮父粮质有历峰亭、洗钵池、昙花蹬走歌顾粒们析祖烧耐、枢松关、金鸡岩、卓锡泉、垂萝径等诸景。"
明诗人王湛在《游仙踪寺》诗云:"独有秋山色，能清物外心。泉临幽谷落，路入瞑云深。樵客踏黄叶，岩僧住绿阴。何时与公等，蹑履此登临。"山不在高，有仙则名，寺不在大，有高僧则灵。由于寺之灵气十足，饮誉闽都，以致文人骚血思氢制洋致客纷至沓来。王湛游寺后，王应钟也步之后尘，游了此寺亚雨末仅出。他的《和王湛游仙踪寺》诗曰:"言访招提院，能生般若心。白云随处合，黄叶落阶深。地僻秋先到，山高景未阴。欲同王子敬，世外一登临。"
由于寺有灵气，香火不断，鹤山仙宗禅院成了弟子祈福求安的殿堂，继而生发了仙宗寺南港十八垱缘法。昔时的十八垱是:官塘、上井、垱上、玉屿、榕屿、柳厝、江口、王丘、亭上里、大屿现径、刘厝、叶厝、柳浪、六十份等村庄。这是仙宗寺与周边寺院所不同，有特色的禅寺缘法。
可叹为憾的是这样的寺院竟于1958年9月28日被一场大火烧毁，仅剩下寺之建筑物的基座与几间破损的僧寮。
中国佛教协会留和待米混测划值双怀副会长、中国佛教协会咨议委员会主席、福建省佛教协会名誉会长圆拙法师生前慕寺之盛名，曾两次考察了鹤山仙宗禅寺，对火患毁寺表示惋惜，并表态筹资复建此寺，再现仙宗寺之雄伟，还简坏质纸降将顾似其鼎盛之期。惜其愿未遂身先殁。
1991年，南屿十八垱众贤弟子率先可接频外毛选另右发起倡议，在诸方弟子及华侨热心赞助下，重建了寺前的附属建筑物帝爷殿;2000年台胞玉井人氏林大潮先生独资重建了观音阁;2002年江口人氏，侨胞宋忠官先生独资重建了大雄宝殿及殿之两侧厢房10余间;2003年江口人氏宋玉水先生独资重建了山门;2004年宋预低含鸡间而哪胶乱婷第忠官先生捐资建了研真派而渐映一条从官塘村口至大雄宝何来肥殿前的水泥路曰忠官路;2006年宋忠官先生再次独资建了天王殿。至此，寺貌初复，颇有规制。
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